Avogadro è un software gratuito multipiattaforma ( rilasciato sotto licenza GNU GPL è disponibile per windows, linux e mac) per la modellazione molecolare.
Si possono creare le molecole, modificarle a piacere, leggerne le distanze interatomiche e grazie ai plugin è possibile creare animazioni o ottimizzare la geometria delle molecole o calcolarne le energie.
Il disegno delle molecole puo’ essere esportato in formato pdb, mdb oppure nei formati jpg, png, bmp.